«L’eau est le grand ennemi»

Le retraitement des endoscopes joue un rôle essentiel dans la réduction du risque d’infections exogènes liées à l’endoscopie. Il faut veiller scrupuleusement à ce que les endoscopes sèchent complètement après la désinfection de haut niveau. L’humidité constitue un terrain propice à la formation de biofilms et doit donc être impérativement évitée.

Plusieurs facteurs contribuent au risque d’infections liées à l’endoscopie. «Les endoscopes sont considérés comme des instruments semi-critiques à critiques et nécessitent un processus de travail stérile. Parallèlement, nos patient·es présentent eux·lles-mêmes un risque d’infection plus ou moins élevé et, enfin, les germes présents dans l’environnement réagissent avec plus ou moins de sensibilité à la désinfection de haut niveau que nous pratiquons», a déclaré le Dr méd. Alain Vonlaufen du Centre d’Endoscopie GGHA (Geneva Gastroenterology & Hepatology Associates SA), à Genève, en soulignant la complexité du problème dans son exposé lors du congrès de la Société Suisse de Gastroentérologie (SSG).

Pour le retraitement des endoscopes, ce sont d’une part les instructions du fabricant qui font autorité. D’autre part, les directives nationales doivent être respectées. En septembre 2025, la directive suisse en vigueur jusqu’alors pour le retraitement des endoscopes flexibles, élaborée par les sociétés spécialisées de toutes les disciplines endoscopiques, a été remplacée par les «Bonnes pratiques suisses de retraitement des endoscopes flexibles, thermolabiles» (BPRE)¹, élaborée par diverses sociétés spécialisées médicales, dont la SSG, ainsi que par Swissmedic. Ce document repose sur des dispositions légales et doit être considéré comme un document de référence pour le retraitement des endoscopes flexibles dans tous les établissements de santé concernés en Suisse. Swissmedic est chargé de la surveillance dans les hôpitaux, peut édicter des directives supplémentaires et infliger des amendes. Dans les cabinets médicaux et les centres ambulatoires, la surveillance relève de la compétence des cantons.

Infections liées à l’endoscopie

En ce qui concerne les infections liées à l’endoscopie, il convient de distinguer deux types:

Les infections endogènes sont causées par la flore du patient, par exemple une pneumonie par aspiration ou une bactériémie survenue lors d’une cholangio-pancréatographie rétrograde endoscopique (ERCP). «Ces infections endogènes sont liées à l’endoscopie, mais pas au processus de retraitement de l’endoscope. Vous pouvez réduire le risque de ce type d’infections en évitant de pratiquer des endoscopies inutiles», a expliqué le gastroentérologue.

Dans le cas des infections exogènes, un germe est transmis d’un patient à un autre via l’endoscope, un accessoire ou le matériel de retraitement. «Seule une hygiène irréprochable permet de prévenir les infections exogènes. Les endoscopes sont des instruments complexes. Ils comportent plusieurs canaux minuscules, parfois très tortueux, dans lesquels des résidus d’eau peuvent s’accumuler. L’eau est le grand ennemi dans ce contexte, car c’est le facteur le plus important dans la formation d’un biofilm», a souligné A. Vonlaufen. Le biofilm est constitué d’agrégats de micro-organismes qui se développent bien dans un milieu humide et sécrètent des substances qui les protègent et augmentent leur tolérance aux désinfectants ainsi qu’aux antibiotiques. Les endoscopes particulièrement susceptibles de favoriser la survie des germes, et qui font donc partie des instruments critiques et très critiques, sont les duodénoscopes et les échoendoscopes.

Contamination des endoscopes

Une étude rétrospective française publiée en 2023, qui a analysé au total 90311 échantillons prélevés sur des endoscopes dans 490 hôpitaux publics et privés sur une période de 17ans, a montré qu’une augmentation des tests permettait de réduire considérablement la proportion d’endoscopes contaminés.²

Une étude américaine a examiné le taux d’infections survenues dans les 7 jours suivant une coloscopie ou une endoscopie digestive haute réalisée dans un centre ambulatoire.³ Le taux pour 1000 interventions était de 1,1 pour la coloscopie de dépistage, de 1,6 pour la coloscopie non-dépistage et de 3,0 pour l’endoscopie digestive haute. Ces taux sont supérieurs à ceux observés lors d’une mammographie de dépistage (0,6), mais nettement inférieurs à ceux d’une bronchoscopie (15,6) ou d’une cystoscopie (4,4), qui ont servi de groupes de contrôle. «La conclusion la plus importante de cette étude, à mes yeux, est toutefois qu’elle a permis d’identifier les facteurs de risque d’infections liées à l’endoscopie. Cela inclut une hospitalisation ou une endoscopie gastro-intestinale au cours des 30 derniers jours, ainsi que les centres ayant un faible volume d’endoscopies. Plus on fait d’endoscopie, mieux on est dans les processus, probablement», a expliqué A. Vonlaufen.

Infections exogènes

Il est très difficile et fastidieux de prouver qu’un micro-organisme a été transmis à un patient via un endoscope et que cela a entraîné une maladie. Pour illustrer cela, A.Vonlaufen a décrit les analyses qui ont dû être réalisées dans un centre de soins tertiaires du nord de l’Allemagne afin de déterminer la cause d’une épidémie d’infections à Klebsiella pneumoniae survenue après une endoscopie.⁴ Ce n’est qu’après un audit de l’ensemble des processus et procédures, qui n’avait révélé aucune anomalie, et le remplacement des endoscopes contaminés, qu’une nouvelle infection par le même germe est survenue, ce qui a permis de remonter à la source de la contamination: les endoscopes présentaient une quantité assez importante de résidus d’eau après le retraitement. «L’eau est un facteur qu’il faut absolument éviter dans le cas des endoscopes, car elle favorise la formation de biofilms. Les endoscopes doivent donc être parfaitement secs», a déclaré l’intervenant. Que l’on utilise une armoire ventilée automatisée ou une armoire standard pour le séchage des endoscopes ne semble pas avoir beaucoup d’importance. La première est un peu plus performante et les endoscopes sont secs à l’extérieur comme à l’intérieur au bout de 24 heures, alors que cela prend un peu plus de temps dans la deuxième.⁵ «Quel que soit le type d’armoire que vous utilisez, il est important que vos endoscopes soient rangés à la verticale», a souligné A.Vonlaufen.

L’ERCP est une intervention présentant un risque particulièrement élevé d’infections exogènes. Le retraitement des duodénoscopes est très difficile, car l’emplacement peu accessible de l’élévateur complique le nettoyage et la désinfection manuels ou automatisés, favorisant ainsi la colonisation persistante du duodénoscope par des agents pathogènes.⁶ Entre 2012 et 2015, au moins 25 épidémies distinctes causées par des duodénoscopes contaminés ont été recensées dans le monde, touchant plus de 250 patients.^6–8 L’industrie a donc mis au point différentes solutions, notamment des duodénoscopes à usage unique et, comme alternative plus économique et plus respectueuse de l’environnement, des duodénoscopes équipés d’un capuchon à usage unique qui recouvre entièrement l’élévateur. Dans une étude randomisée canadienne, les duodénoscopes équipés d’un capuchon à usage unique ont présenté un taux de contamination plus faible après une désinfection de haut niveau par rapport aux modèles standard (3,8 par rapport à 11,2%; RR: 0,34; IC à 95%: 0,16–0,75; p=0,004; NNT pour prévenir 1 contamination: 13,6).⁹ La sécurité et les performances techniques n’ont pas été compromises par l’utilisation du capuchon à usage unique.⁹

«Une autre mesure cruciale pour prévenir les infections exogènes consiste à former le personnel. Une étude coréenne très intéressante révèle que la participation à des cours sur l’hygiène a permis d’améliorer considérablement le respect des directives sur le retraitement», a souligné A. Vonlaufen.¹⁰

Conclusion

Des infections liées à l’endoscopie peuvent survenir. Selon la littérature, les épidémies d’infections exogènes sont plutôt rares, mais, le cas échéant, elles peuvent avoir des conséquences désastreuses. Il est donc essentiel de veiller à respecter les meilleures normes d’hygiène possibles.